Xlorofil pigmentlari murakkab strukturali organik moddalar bo’lib tarkibidagi magniy atomi to’rtta pirol halqasiga bog’langan va tusi yashildir. Bularga xlorofil-A, xlorofil-B, xlorofil-S, xlorofil-D va bakterioxlorofil kiradi. Ko’k yashil xlorofil A(C55N72O6N4Mg) va yashil xlorofil (C55N70O6N4Mg) tarkibiga ega. Suv o’tlarining xromotoforida yashil suv o’tlar bilan birga qizil pigment fikoeritin (C35N47N4O8) qizil suv o’tlarida va yashil suv o’tlarida uchraydi. Ko’k pigment fikatsian (C34N42N4O9) ko’k yashil suv o’tlarida va ba’zan qizil suv o’tlarining xromotoforida xlorofil va fikoeritin pigmentlari bilan birga uchraydi.